В 1994 году Мерсико стала одной из первых международных неправительственных организаций, работавших в новом независимом Кыргызстане. За последние 30 лет Мерсико привлекла в Кыргызстан ресурсы от более 30 организаций-доноров, включая правительства США, ЕС, Великобритании, ООН, и частные фонды, для повышения грамотности и улучшения питания детей, создания доступа к чистой питьевой воде, организации пришкольных садов, оказания помощи в чрезвычайных ситуациях, решения проблем изменения климата и укрепления мира. Стратегия Мерсико в Кыргызстане на 2024-2027 гг. направлена на расширение доступа к продовольствию, воде и природным ресурсам, а также на повышение потенциала в госуправлении и урегулировании конфликтов в уязвимых сельских районах во имя развития устойчивых и инклюзивных сообществ.
Ведущая программа МакГоверна-Доула “Продовольствие для образования и детское питание”, финансируемая Министерством сельского хозяйства США, реализуется Мерсико с 2012 года и нацелена на улучшение грамотности школьников и расширение использования лучших практик в области здоровья, питания и диетологии среди учащихся начальных классов и их сообществ. В 2012-2021 гг. программа МакГоверна-Доула оказала поддержку 510 школам в организации полезного школьного питания и предоставила 3 810 тонн дополнительных продуктов питания (обогащенной муки, риса, гороха и подсолнечного масла) для обеспечения более чем 100 000 детей в детских садах и начальных школах горячим питанием по всей стране. В 2021 году Мерсико начала новый цикл программы, в рамках которого будет оказана поддержка более 400 школам, в которых горячим питанием будут охвачены более 80 000 детей.
Программа предоставляет участвующим школам продукты питания, поставляемые Министерством сельского хозяйства США и закупаемые на местах, оснащает современным кухонным оборудованием и восстанавливает инфраструктуру при активном вовлечении местных властей. Другие мероприятия программы направлены на распространение книг и учебных материалов, улучшение инфраструктуры водоснабжения, санитарии и гигиены, обучение школьных поваров и должностных лиц, создание пришкольных садов, а также на изменение социального поведения местных медицинских работников и родителей. Сочетание работы над политиками, наращивания институционального потенциала и поддержки инфраструктуры для организации школьного питания обеспечивает устойчивое повышение уровня грамотности и качества питания детей младшего школьного возраста и начальных школ. Программа соответствует новой стратегии правительства Кыргызстана в области образования, Закону об образовании и сопутствующим документам.